En Colombia, por medio de la Resolución 411 de 1968 del Ministerio de Agricultura, se establece una veda indefinida de caza del caimán llanero y otras especies de cocodrilianos en todo el territorio nacional. Al año siguiente, la Resolución 573 de 24 de julio del Ministerio del Medio Ambiente, a través del Instituto de Desarrollo de los Recursos Naturales Renovables (INDERENA), se modifica la anterior resolución y establece un veda indefinida para la caza del caimán llanero (C. intermedius), el caimán aguja (C. acutus) y el caimán negro (Melanosuchus niger), e implanta sanciones, debido a la alta presión de caza sobre estas especies.
En 1997 el Ministerio del Medio Ambiente, a través de la Resolución 676 de 21 de julio, declara al caimán llanero como especie en peligro de extinción y resuelve que el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y la Universidad Nacional de Colombia formulen el Programa Nacional para la Conservación del Caimán Llanero.
En 1998 se elabora el Programa Nacional para la Conservación del Caimán Llanero, con una duración de 10 años, cuyo objetivo general es el de “prevenir la extinción del caimán llanero Crocodylus intermedius en Colombia y promover su recuperación en el área natural de distribución, para así contribuir a la conservación en el largo plazo de la especie, integrándola a los sistemas económicos y culturales regionales”. Su objetivo específico se definió contemplando los criterios establecidos por la UICN para las especies del orden Crocodylia, por lo que, como especie en peligro crítico, se centró en buscar “un incremento de la población al menos de un 50%; un aumento de extensión de ocurrencia en más de 500 km2 y contar con más de 2.500 individuos maduros”.
En el año 2010 el Ministerio de Medio Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial declara las especies que se encuentran amenazadas en el territorio nacional, a través de la Resolución 383 de 23 de Febrero, en la que se categoriza al caimán llanero como especie en peligro crítico de extinción (CR).
De acuerdo a la Ley 99 de 1993, son las Corporaciones Autónomas Regionales las entidades encargadas de “administrar, dentro del área de su jurisdicción, el medio ambiente y los recursos naturales renovables y propender por su desarrollo sostenible, de conformidad con las disposiciones legales y las políticas del Ministerio de Medio Ambiente”, por lo que, en el caso del caimán llanero, corresponde principalmente a la Corporación Autónoma Regional de la Orinoquia (Corporinoquia), con jurisdicción sobre los departamentos de Arauca, Casanare y Vichada, y a la Corporación para el Desarrollo Sostenible del Área de Manejo Especial La Macarena (Cormacarena), con jurisdicción sobre el departamento de Meta, la gestión y actuación regional sobre la especie y los hábitats que ocupa.